Yamaha Vega pertama kali diluncurkan pada tahun 1999. Saat itu, kendaraan milik Yamaha Indonesia tersebut dibekali dengan mesin berkapasitas 105cc yang merupakan warisan dari Yamaha Crypton, yang merupakan motor bebek 4-tak pertama milik Yamaha dengan bodi mirip dengan Yamaha F1Z-R. Kendaraan ini dikenal mempunyai mesin kencang dan mudah untuk dimodifikasi..